NGS ویروس کرونا
ویروس کرونا (SARA-CoV-2)، مسئول بیماری همه گیر Covid-19، یک بیماری جدید است که اولین بار در اواخر دسامبر سال 2019 در چین شناسایی شد. از اولین زمان انتشار توالی ژنوم این ویروس در 24 ژانویه، محققان به سرعت در حال جمع آوری اطلاعات ژنتیکی در مورد این ویروس برای کمک به اقدامات تشخیصی و درمانی می باشند.
توالی یابی
تعیین توالی ژنوم، ابزاری اساسی در درک ویروس های نوظهور است. تعیین توالی نسل جدید (NGS) می تواند انتقال ویروس SARA-Cov-2 و جهش های ویروسی را ردیابی کند، برای پروتکل های آزمایش و اقدامات کنترل عفونت، اطلاعاتی را فراهم نماید و تولید و توسعه واکسن و داروها را راهنمایی نماید. کاربرد فناوری NGS در سالهای اخیر بسیار کمک کننده بوده و محبوبیت فزاینده ای را از جامعه علمی کسب کرده است. این تکنیک در تشخیص بسیاری از بیماریهای ژنتیکی به محققین و پزشکان کمک کرد. به یک گزینه اصلی در مبارزه با بیماری همه گیر ویروس کرونا تبدیل شد. این روش برای اطمینان از صحت تشخیص های جدید و همچنین شناسایی جهش ها و آشکار سازی تاریخچه تکامل ویروس SARS-Cov-2 مورد استفاده قرار می گیرد.
NGS ویروس کرونا
محققین به وسیله NGS، قسمت های مولکولی کلیدی ویروس را در نمونه های بیماران تشخیص می دهند. درک بهتری از چگونگی بیماریزایی این ویروس پیدا کرده اند. متوجه میشوند که چرا بعضی از افراد به فرم شدید این بیماری مبتلا و برخی هیچ علائمی نشان نمی دهند.
تا به حال بیش از 40000 توالی ژنوم ویروس SARS-CoV-2 در GISAID بارگذاری شد.
این تعداد، خیلی کمتر از میلیونها موردی است که در جهان به این بیماری مبتلا و توسط آزمایشات مولکولی تشخیص داده میشوند. این مسئله، دشواری در مهار انتشار ویروس و پیگیری توالی ژنتیکی آن در طول زمان را آشکار می کند.
بخشی از مشکل این است که این ویروس طیف گسترده ای از علائم بالینی را از موارد بسیار خفیف تا بحرانی را ایجاد می کند. به منظور موثر بودن اقدامات کنترل و پیشگیری از عفونت، باید انواع انتقال را از جمله توسط افراد بدون علامت و یا افرادی که در مراحل اولیه بیماری هستند درنظر گرفت. به همین ترتیب، سایر عفونت ها نیز ممکن است بر روند بیماری تاثیر بگذارند. آگاهی از این موارد می تواند به شناسایی بیمارانی که بیشتر در معرض خطر بیماری شدید هستند، کمک کند.
آزمایش PCR کووید19
آزمایش PCR فعلی که بعنوان روش اصلی تشخیص بیماری بکار می رود، فقط وجود ویروس را تعیین می کند و چیزی درباره توالی ژنتیک ویروس نمی گوید. یک سیستم توالی یابی نسل جدید برای تهیه نسخه پشتیبان از PCR برای اطمینان از عملکرد خوب آزمایش و آنالیز اطلاعات ارزشمند، بسیار مهم است.
توالی ژنتیکی ویروس کرونا برای اولین بار توسط مسئول فنی آزمایشگاه، دکتر شهرام سواد با استفاده از تکنیک توالی یابی نسل جدید (NGS)، توالی یابی شده است. دراین مرکز، با توجه به دانش کامل از توالی ژنتیکی ویروس کرونا، آزمایش تشخیصی مولکولی بیماری کرونا با اختصاصیت و حساسیت بالا طراحی شده است.
